帰国直後

　１９００年（明治３３）１０月１５日、４５日の船旅の後、神戸港に着いた。弟常楠が出迎えたが、兄のあまりに粗末な服装であるのと、荷物が書物と標本ばかりであるのに驚いた。１４年振りの帰国であったのに、すぐ家には行けず、大阪・泉南の深日（ふけ）村にある理智院（りちいん）という寺に案内されて、いったんそこに落ち着いた。しかし、やがて和歌山に帰り、弟の家に寄宿した。
　そのうち、イギリスで別れた孫文が横浜にいることが分かって連絡がとれ、１９０１年（明治３４）２月、孫文はわざわざ和歌山の南方家まで訪ねてきた。２人の再会は、ロンドンでの交情がいかに深かったかを示すもので、このとき、常楠父子らをまじえて記念撮影をしている。
　孫文は、和歌山を去る際、愛用のヘルメットを熊楠に残し、また犬養毅（いぬかいつよし）への紹介状を送ってきた。その紹介状はついに使われることなく南方邸に保存され、へルメットはいま白浜の南方記念館の陳列棚の中に展示されている。孫文とはその後もしばらく文通が続き、ハワイで採集した地衣の標本を送ってきたりしたが、次第に疎遠になり、和歌山での別れが永遠の別離となった。孫文の死後、熊楠は「人の交りにも季節あり」と記し、親交のあった当時を回想してさびしさを表わしている。
　熊楠は常楠の家を離れて和歌浦の円珠院（えんじゅいん）に寄宿し、和歌山市付近を歩き回って、隠花植物などを採集し、研究に没頭した。しかし、座敷を散らかし不潔であるとして寺から出て行くように言われるはめになった。常楠の家へ戻ってみたが、やはり家族としっくりいかず、しばらく熊野へ出かけることを思い立った。帰国後これまで１年ほどの間に、和歌山で採集した隠花植物は、菌類を主に全部で１２７７種に達した。